Zakład Karny w Czerwonym Borze został powołany Zarządzeniem Ministra Sprawiedliwości nr 15/01/CZSW z dnia 20 czerwca 2001r. Bazą materialną, na której powstał Zakład Karny w Czerwonym Borze było mienie pozostałe po zlikwidowanej Jednostce Wojskowej 3466 Nadwiślanskich Jednostek Wojskowych MSWiA.